Вы можете сформировать чек сами только в том случае, если он не сформировался автоматически. Иначе налог начислится в двойном размере. Если по ошибке вы сформировали второй чек, то аннулируйте его.
Важно: до выплаты формировать чеки нельзя — вы ведь не знаете точную сумму выплаты, которая вам поступит.